Plattform für hochauflösende räumliche Transkriptomanalyse

Die Uniklinik RWTH Aachen (UKA) beabsichtigt den Kauf einer Plattform für die hochauflösende räumliche Transkriptomanalyse (Spatial Transcriptomics) von Gewebeproben auf Einzelzell- und Subzellularebene zum Einsatz in der nephrologischen und kardiovaskulären Forschung. Dieses System soll ermöglichen, dass wir zukünftig automatisierte, hochauflösende single cell spatial transcriptomics Analysen von sowohl fresh frozen (FF) als auch Paraffin-eingebetteten (FFPE) Gewebeproben auf bis zu 4 handelsueblichen Objektträgern anstelle von bislang notwendigen speziellen Objektträgern gleichzeitig durchführen können. Das System soll ein automatisiertes Analyseinstrument, validierte Reagenzien und Panels zur In-situ-RNA-Detektion, Verbrauchsmaterialien sowie Software für Datenauswertung und Visualisierung bieten. Es sollen sowohl vorkonfigurierte Genpanels als auch individuell konfigurierbare Panels einsetzbar sein. Auch Isoformen, Single-Nucleotide-Varianten (SNVs), TCR-/BCR-Sequenzen und bakterielle oder virale Zielsequenzen sollen berücksichtigt werden können. Die Plattform soll über integrierte Bildaufnahme-, Datenverarbeitungs- und Analysefunktionen verfügen. Diese sollen direkt auf dem Gerät möglich sein und die Lokalisierung von RNA-Transkripten, Zellsegmentierung, Zuordnung der Transkripte zu einzelnen Zellen sowie Cluster- und Expressionsanalysen ermöglichen. Die erzeugten Daten sollen sowohl lokal als auch über Cloud-Lösungen sowie mit Drittanbieter-Software weiterverarbeitet werden können. Erforderliche Spezifikationen: - Automatisierter End-to-End-Workflow mit integrierter Fluidik, Bildgebung und Datenanalyse - Räumliche RNA-Detektion mit einer Auflösung von <30 nm (XY) und <150 nm (Z) - bildgebende In-situ-Technologie mit Rolling Circle Amplification (RCA), die eine hochsensitive und spezifische Erfassung von RNA-Transkripten bei gleichzeitiger Erhaltung der Gewebemorphologie ermöglicht - parallele Messung von bis zu vier handelsüblichen Objektträgern - Analyse großer Gewebeflächen (>5 cm² pro Objektträger) und hoher Probendurchsatz - Einsatz validierter Standardpanels sowie individuell konfigurierter Genpanels - Kompatibilität mit frei zugänglichen Dateiformaten für die weitere Analyse . Ergänzend sollen die benötigten Reagenzien und Verbrauchsmaterialien angeschafft werden, die mit dem System kompatibel sind. Folgende Spezifikationen sind dafür notwendig: - Gewebe-Abdeckung: FFPE & FF - Anwendungsbandbreite: humane whole transcriptome analysis WTA (>18.000 Gene, individuell erweiterbar) sowie anwenderspezifisch definierbare Panels (bis zu 2.000 Gene) - die Kits sollen in verschiedenen Größen verfügbar sein, optimalerweise für jeweils 2 sowie 4 Objektträger Das System sollte im 1. Quartal 2027 geliefert werden. . Aus Sicht des Universitätsklinikums kann der Bedarf aktuell nur durch einen Marktteilnehmer gedeckt werden. Zur Verifizierung dieser Annahme wird diese Markterkundung durchgeführt.